Als Foren für den wissenschaftlichen Austausch sind zusätzlich so genannte "Arbeitsgruppen" (AGs) im GGK aktiv. In den AGs, die unterschiedliche Ziele verfolgen, schließen sich DoktorandInnen des GGK zusammen. Zum einen sind die AGs ein Forum, um für einen bestimmten Zeitraum ein Thema zu bearbeiten oder eine Tagung vorzubereiten (siehe auch Tagungen des GGK). Im Gegensatz zu den Sektionen, die eine längerfristige Organisationseinheit darstellen, lösen sich die AGs in diesem Fall nach Beendigung des Projekts wieder auf.
Eine AG kann zudem auch die Vorstufe zu einer Sektion sein. In diesem Rahmen zeigt sich, ob ein thematischer Fokus über die Disziplinen hinweg Bestand hat. Arbeiten die Mitglieder einer AG über einen Zeitraum erfolgreich zusammen und streben einen längerfristigen wissenschaftlichen Austausch an, kann aus dieser Gruppe eine Sektion werden (als Beispiel siehe Sektion 4).
Die AGs müssen aber nicht zwangsläufig die Umwandlung in eine Sektion anstreben und können auch in diesem Zusammenschluss eine längerfristige Arbeitseinheit bilden.
Gegenüber den Sektionen haben die AGs einen tendenziell informellen Charakter. Daher empfiehlt es sich, bei Interesse direkt den Leiter/die Leiterin der jeweiligen AG zu kontaktieren, um aktuelle Termine zu erfragen.